Giống như Angkor Thom, Banteay Chhmar được xây vào thời vua Jayavarman VII trị vì vào thế kỷ 12/13. Đền trung tâm đã từng giữ hình ảnh của Srindrakumaraputra (thái tử), có lẽ là con của vua Jayavarman VII. Các bản khắc chữ Khmer cổ được tìm thấy ở khu vực này (K.227), và hiện đang được lưu giữ tại Viện bảo tàng Quốc gia Phnôm Pênh (Higham, 132).

Đền nằm sâu hun hút trong một khu rừng Thmar Pouk rậm rạp mà mãi đến năm 2004, nó mới được đưa ra ánh sáng. Ngôi đền mang dáng dấp của đền Angkor Wat được quốc vương Jayavarman VII (1181-1219) dựng nên từ thế kỷ thứ 12. Vị quốc vương này cho xây ngôi đền để thờ Phật, nhưng thật ra đó là ngôi đền thờ người con trai yêu dấu của ông đã tử trận trong cuộc chiến chống lại quân Champa. Jayavarman VII luôn xem mình như Phật và thần thánh hóa các thành viên trong dòng họ như Phật, điển hình cho việc tự xem mình là Phật là công trình Bayon, do đó trong suốt thời gian trị vì gần 50 năm, những ngôi đền vĩ đại thờ những thành viên gia tộc của vua như những vị Phật đã được dựng lên khắp nơi bởi xương máu của hàng triệu thường dân và nô lệ.